一道道能量组成的烟柱从六号机身上逸散出来，连接到灵魂之扉的中心，进行某种能量的交互，整个机体发出刺目的强光。
大地开始震动，强度越来越大，这是黑之月即将破土而出的征兆。
这时候，旧东京圈的市民刚收到了政府发布的紧急灾害警报，富士山火山爆发了。天空中轰隆隆作响，一朵由火山灰组成的黑色蘑菇云，在风力和空气对流的作用下不断扩散，在地平线上升起，引发了大面积恐慌，民众开始奔涌到超时、便利店抢购食品跟饮水。
接着，天空突然变得一片血红。不是黄昏的那种夕阳红，而是空气都浸透了血液一般，是一种令人心悸不已的异常现象，就像用红色塑料纸遮住了眼睛。无数居民走出建筑物，开始到处张望，不知所措。
以至于，地空中高速划过的三道导弹的白色尾迹，都没多少人注意。
人类掌握的最强武器――核武器终于出动了，N2爆弹虽然绿色无污染，终究还是因为威力不足。人类面临生死存亡之际，已经不是顾忌核污染的时候了。
在卫星和微波的引导下，三发 100 万吨当量的三相弹（一种威力加强版氢弹）迅速抵达灵魂之扉上空，此处的空间环境已经发生了不可预知等变化，电磁波被吸收或屏蔽，导弹只能依靠惯性制导和地形图像识别继续朝着落点前进。
三道流光从天而降！
在 45 千米外的第三东京市观测，只见天边升起了一个刺目无比的太阳，一瞬间腾空而起的火球直径达 4 千米。激波向外传播，其负相位部分使空气的密度迅速降低，形成两道水蒸气就会凝结的白色圆环……冲击波在爆心投影点附近地面的反射和负相的抽吸作用使得地面掀起巨大尘柱，和烟云相衔接，形成高达18公里以上的蘑菇状烟云……
氢弹爆炸产生的电磁波航横扫一切精密电子设备，包括太空的卫星也收到不小的干扰。部署在外围的探测器，传感器纷纷电路纷纷击穿报废，中央作战司令室的大屏幕一黑，弹出了无数告警窗口。要不是处于低下深处，还要报废更多的电子设备。
通信的恢复需要时间，至少在一刻钟内，NERV JPN 成了瞎子聋子。
然而核打击之后，灵魂之扉并未关闭，发动第三次冲击的仪式并未被打断，众人的心头逐渐蒙上一层绝望的阴影。
此时，在伊豆半岛中心的战场，原来的山谷已经化为一片焦土，形成一个宽度超过一千米，深达五十米的大坑。5 psi 的超压冲击波让方圆 6.7 公里的树木倒伏，更加接近爆心的则化为焦炭燃烧起来。空间中的辐射强度超过 6 Sv，排除高温真空的极端负面影响，也足以让人毙命。
噗！
一架发着白光的机体从土石里冒出，六号机被强大的冲击波摁进地里。果然，这种当量的核武器还是不起作用。毕竟一个成熟台风每20分钟释放的能量，相当于引爆一颗 1000 万吨当量的核弹，每小时释放的能量等于 2600 多颗广岛原子弹爆炸的威力，虽然威力分散了。