从二月底到如今，南京已经坚守将近三个月，二十万清军不分昼夜不计伤亡的猛攻，还是使得南京城内兵力不足的隐忧显现出来。博洛不再局限于聚宝门一点，而是将兵力分散，突如其来的猛攻南京城门的某一点，城内守军对此只能是疲于奔命，阎应元也同样是无计可施。在这种情形之下，外城佛宁门高桥门上元门fèng台门相继失陷。逼迫着阎应元李岩等人只能收缩兵力，据守内城。
城内储存的粮草虽然充足，但火药弓矢滚木之类的东西却是消耗的极快，不得不，史可法亲自带人开始在坊市中拆掉破旧的民房屋舍，以此来暂时补充。城内的老弱妇孺除担负着为守城士卒民壮运送饭食清水的任务之外，还顶着家中的铁锅木板到城下去检视射进来的箭矢，仅此一项，每日里都有上百人因此而丧命。
其中最重要的便是火炮和火器的弹药日渐减少，清军攻城的猛烈程度超乎想象，就连阎应元李岩这些久经沙场的宿将也为之惊骇不已。八旗军驱赶着绿营的兵丁奋不顾死的冲上来，层层叠叠，不见尽头，绿营兵但凡稍有退却，八旗军便立刻刀兵相向，这也使得绿营兵只能向前猛冲。
天气渐渐炎热，紧密残酷的战事使得双方都没有精力和时间看来收拢各自士卒的尸身，尸身一层层的累积起来，上元门的失陷便是因为尸身的高度几乎已经到了城院垛口的附近，这才被如潮水一般涌上来的清军攻克。虽然这样的战术让清军死伤惨重，但博洛却是不以为意。
死的都是绿营兵，八旗精锐本就不多，他可没打算消耗在这攻城战中。屯齐和怀顺王耿仲明苦劝了多次，如今南京已成旷日持久之势，再这么耗下去，清军也未必能够拿下南京。但博洛却是将南京攻守战当做了自己的奇耻大辱，恭顺王孔有德命丧城下。有名有姓的八旗将领死了十余个，绿营的副将参将佐领阵亡了将近一半，下层的号头把总之类的军官更是几乎换了一遍。如果不能拿下南京城，那回去之后。博洛还有什么脸面面见多尔衮。仅是如此大的伤亡，便不是他一个多罗贝勒可以承担的起的。
更何况，此次湖广大捷，一举使得清军占据了战略优势，多尔衮和皇帝都对此次南下之役寄予厚望。如今吴三桂洪承畴两路大军在四川浙江福建打得风生水起，吸引了西南东南数省的明军，此时如果不能攻克明人的京师，那博洛只能是自裁以谢天下了。
也正是基于这样的想法，使得博洛断定此时明军除了路振飞的数万淮扬兵马可能回来救援，其余的明军都被吴三桂洪承畴所吸引，根本抽调不出兵力来支援南京。南京城内不过区区数万明军，便是这样的一直消耗下去，也足可以将其全歼。
清军乌真超哈在聚宝门全军覆没，孔有德也被炸死。清军便没有了火炮的支援，于是博洛便大规模使用了制作工艺相对简陋的臼炮来轰击城墙。臼炮轻便灵活，威力和射程却是足够，只是射击精度便对炮手有着极高的要求。不过博洛的目标是城墙和城门，此时倒也无所谓了。臼炮专打石弹和铁弹，并不存在什么开花弹以弹片伤人。