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随着朱平安所部进城之后，南京的局面迅速安定下来，虽然只有区区的千余人马，但朱平安的威名却着实让城中趁乱而出的宵小之辈胆战心惊，加上军情处南京千户所的全力辅助，以及卢九德京营人马的配合，南京这座经历了数次变乱的城市终于迎来了暂时的安宁。
刘良佐并没有如愿撤回到寿州，他刚刚走到滁州琅琊山一带，麾下的兵将便发动叛乱，趁夜割下他的首级，带着劫掠来的财货作鸟兽散。
左梦庚也没有支撑太长的时间，面对着杨廷麟大军和黄得功的前后夹击，以及罗汝才率领的革左五营忽然杀入湖广，左梦庚的十余万大军已经是进退维谷，加上后勤补给线路被切断，没有几天的光景，左梦庚大军便不战自乱。
杨廷麟趁势发动突袭，一夜之间，连破左军十二营，左梦庚在乱军之中被践踏而死，其部属除少部分突出重围外，大部都向山东军投降。
朱由崧、马士英、阮大铖、刘孔昭、马鸾这些叛乱的首领分子全部被一网成擒，历史上著名的“义兴之乱”终于落下帷幕，随着义兴元年新春佳节的来临，大明天下眼看着便要走进一个崭新的时代。
义兴之乱给大明南京朝廷带来的打击是具有毁灭性的，大批的朝臣、士绅都,在此次变乱中殒命，部分名臣也因此走上不归之途。但同时，也使得奄奄一息的大明帝国有了浴火重生的机遇。原先控制朝政的各个势力集团在变乱中元气大伤，以马士英和东林党为代表的江南本土集团尤其是如此。新兴的势力集团，如朱平安的山东系人马和郑芝龙的福建派系开始正式进入朝廷中枢。
二月十二的时候，郑芝龙的大军和杨廷麟所部几乎同时抵达南京城外，不久之后。路振飞的淮扬兵马和黄公辅的人马也相继抵达，江西袁继咸和总督湖北军务的何腾蛟也随后赶到，各省督抚在短时间内都云集到南京。一个迫在眉睫的任务便是要另立新君。
其实，也没什么好商量的，当务之急，是筹办义兴皇帝的大丧典礼。但这也只不过是敷衍了事而已。借大丧之期，众朝臣要确定的便是，究竟由谁来继承皇帝的位置。
答案就摆在眼前，现实情况就是，经历了马士英等人拥立福王以及义兴之乱之后，崇祯皇帝朱由检一系的子嗣已经断绝，能够拥有继承帝位资格的藩王也所剩无几。而实力最为雄厚的山东和福建两支人马，共推的就是唐王朱聿键。
其他的如路振飞、黄公辅、袁继咸、黄得功等实力派也是倾向于唐王继位。相比较之下，朝堂之上的声音便显得虚弱了许多。东林党遭受重创。大批骨干死于兵乱，钱谦益和黄道周等首领也是巧妇难为无米之炊，只得眼睁睁的看着朱平安和郑芝龙肆无忌惮的向朝中塞进了大批的嫡系人马。
义兴皇帝朱慈烺的葬礼有条不紊的进行，在众臣的一力推举之下，朱聿键已经作为皇位的继承人开始主持各种仪式和典礼。甚至于有传言，朱慈烺“肃宗”的庙号都是他亲自拟定的。虽然作为皇位继承人来说，朱聿键并不是很合适，其辈分要大了朱慈烺不少。而且当年还因待罪进入过高墙，但眼下这种情势。实在是已经找不到更为合适，而且令朝臣们都“满意”的人选了。