通过这次改革，赵构首先纠正北宋遗留下来的问题，重定赏罚标准，以解决统治阶级内部矛盾。并废除宋徽宗时打击反对王安石变法的朝廷重臣的政策。其次，减轻人民的经济负担，缓和阶级矛盾。第三，限制宦官的权力。第四，调整部分官制，合并了一些机构，以适应抗金战争的需要。
苗、刘之变是构成赵构最终收缴兵权、向金人妥协求和的一个因素。
赵构本来就惧怕地方武力和将领拥兵坐大，这次的政变更成了赵构心中挥之不去的阴影，也加强了他这番心理，使赵构终其一生都不再信任武将，且频繁调度将领，达到“兵不识将，将不识兵”的目的，从而使南宋重文轻武的情形加剧。
甚至于平定叛乱的功臣张浚，也因为掌握着兵权，很快受到皇帝的猜忌，又被重提富平之战，逐出了临安，谪居福州，一直闲赋了好几年。
甚至因为苗傅拿徽钦二帝仍在北方来质疑赵构皇位的正统性，并以此为主要理由要求赵构退位，更加深了赵构对此事的耿耿于怀，对于他往后排斥北伐、倾向与女真和议也有一定程度的影响
另一方面，被苗刘扶上皇位的太子赵旉在兵变中受尽颠连，不久后就一病不起，不幸夭折，赵构本人也因故失去了生育能力，自此绝嗣。
宋太宗一脉的赵宋皇室都在靖康之变中被金国俘虏，因此，赵构身边已经没有了立储的人选，一旦宋钦宗回朝，赵构的皇位更加难保，皇位继承人问题成了他的心腹之患。
在南宋朝廷出现这次大变顾的时候，秦桧已经到了完颜昌的营中先充“任用”，后任命为“参谋军事”。有一次金兀术还特地宴请秦桧，而“左右侍酒者，皆中都贵戚王公之姬妾”，使得秦桧更加的感动，彻底的投降了金人。
完颜昌进攻淮东的时候。秦桧如何当“参谋”的详情，出了什妙计，史书记载的不多，只是隐晦的提到他曾向被围的楚州写过劝降书。
楚州之战是当时最壮烈的保卫战之一，全城军民在赵立指挥下，尽管粮尽援绝，只吃树皮草根，仍死守不屈。城破之日，军民“抑痛扶伤巷战，虽妇人女子亦挽贼俱溺于水。”以英勇就义回答了劝降。
完颜昌负责京东和淮东，秦桧随军同行。这年十月，秦桧携家眷离开金营，取道涟水军水砦，返回行临安。
秦桧归宋后，自称杀了监视自己的金兵，抢了小船逃回。朝臣多持怀疑态度，宰相范宗尹、枢密院李回与秦桧关系要好，竭力保荐他的忠心。
秦桧返朝入对，提出“如欲天下无事，南自南，北自北”的南北分治方略，并呈上草拟的和议书。金军在北方穷于应付游击健儿的袭扰，在南线又接二连三地挫败，使金国改变了单纯军事进攻的方针，重新捡起“以和议佐攻战”的策略。
“南自南，北自北”是完颜昌的南北朝方案，也是秦桧在南宋的政治活动指针。这正符合赵构南北分治的想法。赵构认为秦桧忠心可嘉，任命其为礼部尚书，秦桧的随从也都改为京官，就连船工孙靖也补官为承信郎。